Das Limesmuseum Aalen ist ein Zweigmuseum des Archäologischen Landesmuseum. Der Betrieb des Limesmuseum Aalen wird von der Stadt Aalen getragen, einschließlich der Beschäftigung aller Mitarbeiter*innen.

Bei der musealen Bespielung des UNESCO Welterbe Obergermanischer-Raetischer Limes kooperiert das Limesmuseum Aalen zusammen mit dem Limes-Informationszentrum Baden-Württemberg und der Deutschen Limes-Straße.